Een eerste punt van kritiek is de opsplitsing van het Phare-programma in een programmeringsfase onder de bevoegdheid van de diensten in Brussel, in overleg met de nationale autoriteiten, en een uitvoeringsfase onder de bevoegdheid van de delegaties van de EU en de nationale autoriteiten in de betrokken landen.
Die beim Phare-Programm vorgesehene Trennung in eine Planungsphase, für die die Brüsseler Behörden in Absprache mit den nationalen Behörden zuständig sind, und eine Durchführungsphase, die in die Zuständigkeit der EU-Delegationen und der nationalen Behörden in den betroffenen Ländern fällt, stellt einen ersten Kritikpunkt dar.