Het Procotocol bouwt voort op en handhaaft een aantal operationele principes die richtsnoeren zijn voor het optreden van de EU-instellingen en in het bijzonder de werkzaamheden van de Commissie. Hierbij gaat het om de volgende beginselen:
Das Protokoll greift auf eine Reihe von überwiegend funktionalen Grundsätzen zurück, nach denen sich die Tätigkeit der EU-Organe und insbesondere der Kommission ausrichten soll: