Het protocol bevat bepalingen van diverse aard die op verschillende bestuurlijke niveaus moeten worden uitgevoerd, met inachtneming van het subsidiariteitsbeginsel en het evenredigheidsbeginsel. Hoewel het passend is dat de Unie optreedt ter ondersteuning van een geïntegreerd beheer van kustgebieden, onder andere gezien de grensoverschrijdende aard van de meeste milieuproblemen, zullen de lidstaten en hun bevoegde instanties bepaalde bij het protocol vastgestelde maatregelen betreffende kustgebieden nader moeten uitwerken en uitvoeren, zoals de vaststelling van gebieden waarin niet mag worden gebouwd.
Das IKZM-Protokoll enthält eine Vielfalt von Bestimmungen, die unter Beachtung des Subsidiaritätsprinzips und des Grundsatzes der Verhältnismäßigkeit auf unterschiedlichen Verwaltungsebenen umgesetzt werden müssen. Während die Union, u. a. wegen des grenzübergreifenden Charakters der meisten Umweltprobleme, das integrierte Küstenzonenmanagement fördern sollte, werden die Mitgliedstaaten und deren zuständige Behörden für die Ausarbeitung und Umsetzung bestimmter im IKZM-Protokoll festgelegter detaillierter Maßnahmen im Küstenbereich verantwortlich sein, wie beispielsweise für die Ausweisung von Zonen, in denen Bauvorhaben nicht zulässig sind.
