Net zoals het geval is bij de Interreg-III-programma's in de EU, moet het programma "kennisregio's", op grond van de territoriale doelstelling in de structuurfondsen, ook oplossingen omvatten voor hindernissen aan de grenzen, alsook mechanismen om de grensoverschrijdende regionale samenwerking op onderzoeksgebied te bevorderen, ongeacht de vraag of op deze regio's de convergentiedoelstelling van toepassing is of die van het regionale concurrentievermogen.
In Anlehnung an die INTERREG-III-Programme in der Europäischen Union und auf der Grundlage des territorialen Ziels der Strukturfonds muss auch das Programm der wissensorientierten Regionen Lösungen für grenzüberschreitende Hemmnisse und Mechanismen der Förderung grenzüberschreitender regionaler Zusammenarbeit in der Forschung umfassen, gleichgültig, ob es sich um Maßnahmen für ein Konvergenzziel oder ein Ziel der regionalen Wettbewerbsfähigkeit handelt.