EAR is gevestigd in Thessaloniki en beschikt over operationele centra in Belgrado (Servië en Montenegro-Servië), Podgorica (Servië en Montenegro-Montenegro), Pristina (Servië en Montenegro-Kosovo, krachtens resolutie 1244 van de VN-Veiligheidsraad) en Skopje (de voormalige Joegoslavische republiek Macedonië).
Die Agentur hat ihren Sitz in Thessaloniki; zudem verfügt sie über Einsatzzentralen in Belgrad (Serbien und Montenegro), Podgorica (Serbien und Montenegro-Montenegro), Pristina (Serbien und Montenegro-Kosovo, gemäß Resolution 1244 des VN-Sicherheitsrates) und Skopje (ehemalige jugoslawische Republik Mazedonien).