Naast voordelen voor het milieu, zoals hierboven besproken, ontstaan door het programma ook andere belangrijke indirecte gevolgen zoals de impact van de daling van het verkeer op de natuurbescherming of kwetsbare gebieden, zoals de Alpen en de Pyreneeën, of de kennisspillover en netwerkeffecten dankzij de samenwerking tussen de entiteiten die bij het Marco Polo-programma zijn betrokken.
Abgesehen vom vorstehend genannten Umweltnutzen dürfen auch andere wichtige indirekte Auswirkungen nicht außer Acht gelassen werden, etwa die Auswirkungen eines geringeren Verkehrsaufkommens auf den Naturschutz oder sensible Gebiete, wie die Alpen oder Pyrenäen, oder die Wissensweitergabe und Vernetzung durch die Zusammenarbeit zwischen Teilnehmern am Marco-Polo-Programm.