Wat de territoriale organisatie betreft, is de instelling van territoriale eenheden overeenkomstig de NUTS-indeling afgerond met de oprichting van 8 cohesieregio's van niveau NUTS II, en 14 regio's (kraj) van niveau NUTS III. De meeste eenheden die beheers- en betalingsautoriteiten worden genoemd, hebben veel ervaring met de uitvoering van het beheer van de programma's Phare, ISPA en SAPARD.
Was die Klassifizierung der Gebiete betrifft, so hat die Tschechische Republik die Festlegung der Gebietseinheiten entsprechend der NUTS-Systematik abgeschlossen. Es gibt 8 Gebietseinheiten auf der Ebene NUTS 2 und 14 Gebietseinheiten auf der NUTS-III-Ebene („kraj"). Die meisten Stellen, die als Verwaltungsbehörden oder Zahlstellen benannt wurden, haben bereits Erfahrung mit der Umsetzung von PHARE-, ISPA- und SAPARD-Programmen gesammelt.
