Uit het EFMZV moet evenzo steun kunnen worden verleend om de impact van de visserij op het mariene milieu te reduceren, in het bijzonder door eco-innovatie en selectiever vistuig en selectievere apparatuur te bevorderen en door maatregelen te nemen om de mariene biodiversiteit en de mariene ecosystemen, samen met de diensten die deze verlenen, te beschermen en in stand te houden overeenkomstig de „EU-biodiversiteitsstrategie tot 2020”.
Ebenso sollte es dem EMFF möglich sein, eine Verringerung der Eingriffe in die Meeresumwelt durch die Fischerei zu unterstützen, und zwar insbesondere durch die Förderung von Öko-Innovation und die Verwendung von selektiveren Fanggeräten und -ausrüstungen sowie durch Maßnahmen, die — in Übereinstimmung mit der Biodiversitätsstrategie der Union bis 2020 — auf den Schutz und die Wiederherstellung der Biodiversität und der Ökosysteme der Meere und ihrer Leistungen abzielen.