De belangrijkste ecologische uitdagingen voor de Oostzee zijn eutrofiëring, persistente verontreinigende stoffen zoals dioxine, PCB's en organische tinverbindingen, van buitenaf binnendringende soorten, bewust illegale lozingen vanaf schepen, een toenemend risico van olierampen, exploitatie van olievelden en snel groeiend olietransport, en nucleaire veiligheid.
Die größte ökologische Herausforderung für die Ostsee sind die Eutrophierung, persistente Schadstoffe, z.B. Dioxin, PCB und organische Zinnverbindungen, fremde invasive Arten, absichtliche rechtswidrige Einleitungen durch Schiffe, das steigende Risiko von Öltankerunfällen und die Gefahren infolge der Ausbeutung von Ölfeldern sowie der rasch anwachsende Öltankerverkehr und die nukleare Sicherheit.