Naast de regelgeving in de kaderrichtlijn water bestaat er ook een raamwerk van criteria die moeten worden nageleefd uit hoofde van andere onderdelen van de EU-milieuwetgeving, met name de wetgeving inzake natuurbescherming. Het gaat hierbij vooral om speciaal beschermde gebieden (bijvoorbeeld de zeegrasvelden voor de Spaanse kust, die speciale bescherming genieten onder de habitatrichtlijn ), waar de naleving van de milieudoelstellingen wordt gewaarborgd.
Neben den Anforderungen der Wasserrahmenrichtlinie gibt es einen umfassenden Katalog von Kriterien, die gemäß anderer Teile des EU-Umweltrechts erfüllt werden müssen; dies gilt insbesondere für die Rechtsvorschriften zum Naturschutz - und hier wiederum vor allem in Bezug auf besondere Schutzgebiete (z. B. die Poseidongrasbänke entlang der spanischen Küste, die den Bestimmungen der Habitatrichtlinie unterliegen) -, die die Einhaltung der Umweltziele gewährleisten.