Een ander punt is de correcte toepassing van de regels betreffende de bescherming van persoonsgegevens, met name de regels volgens welke de betrokkenen de lidstaten kunnen verzoeken gegevens over zichzelf in de Eurodac-gegevensbank te controleren (via speciale zoekopdrachten; artikel 18 van de Eurodac-verordening).
Weitere Bedenken betreffen die Anwendung der Vorschriften zum Schutz personenbezogener Daten, vor allem derjenigen Bestimmungen, die den von der Datenverarbeitung betroffenen Personen ermöglichen, in dem jeweiligen Mitgliedstaat eine Überprüfung der Informationen über die sie betreffenden Daten in der EURODAC-Datenbank (anhand spezieller Abfragen, Artikel 18 der EURODAC-Verordnung) zu beantragen.