Wanneer betaalorganen op regionaal niveau worden opgezet, erkent een lidstaat daarnaast echter een betaalorgaan op nationaal niveau voor steunregelingen die vanwege de aard ervan op nationaal niveau moeten worden beheerd of belast hij de regionale betaalorganen met het beheer van deze regelingen.
Werden Zahlstellen auf regionaler Ebene eingerichtet, lässt der betreffende Mitgliedstaat jedoch entweder zusätzlich eine Zahlstelle auf nationaler Ebene für die Beihilferegelungen zu, die naturgemäß auf nationaler Ebene verwaltet werden müssen, oder aber er überträgt die Verwaltung dieser Regelungen seinen regionalen Zahlstellen.