Enkele lidstaten hebben gebruik gemaakt van de mogelijkheid om bepaalde soorten afval of stortplaatsen van sommige bepalingen van de richtlijn uit te sluiten (Italië, Slowakije en Zweden voor ongevaarlijk mijnbouwafval; Frankrijk, Griekenland en Spanje voor eilanden en afgelegen woongebieden; Duitsland, Ierland, Nederland, Slowakije en Zweden voor ondergrondse opslag).
Einige Mitgliedstaaten haben von der in der Richtlinie vorgesehenen Möglichkeit Gebrauch gemacht, bestimmte Abfälle oder Abfalldeponien von einigen Vorschriften der Richtlinie auszunehmen (Italien, Slowakei und Schweden bei ungefährlichen Bergbauabfällen, Frankreich, Griechenland und Spanien bei Inseln und isolierten Siedlungen, Deutschland, Irland, die Niederlande, Slowakei und Schweden bei Untertagedeponien).