Wat de andere Structuurfondsen betreft, worden de visserijsector en de van de visserij afhankelijke regio's onder andere geconfronteerd met het probleem dat hun sociaal-economisch belang betrekkelijk gering is, waardoor zij slechts weinig aandacht krijgen van de lidstaten als deze hun programma's voor de gebieden van doelstellingen 1 en 2 of voor doelstelling 3 opstellen.
Wie auch bei den übrigen Strukturfonds ist eine der Schwierigkeiten, mit denen der Fischereisektor und die von der Fischerei abhängigen Regionen zu kämpfen haben, ihr relativ geringes sozioökonomisches Gewicht, so dass sie meistens hintanstehen, wenn die Mitgliedstaaten ihre Programme für Ziel-1- und Ziel-2-Regionen oder im Rahmen von Ziel 3 erstellen.