Beschikking 2006/861/EG blijft evenwel van toepassing op het onderhoud van overeenkomstig deze beschikking goedgekeurde projecten en, tenzij de aanvrager verzoekt om toepassing van deze verordening, op projecten voor nieuwe, vernieuwde of verbeterde subsystemen die zich in een vergevorderd stadium van ontwikkeling bevinden of het voorwerp zijn van een contract dat op de datum van bekendmaking van deze verordening wordt uitgevoerd.
Sie gilt jedoch weiterhin für die Fortführung von Vorhaben, die gemäß dieser Entscheidung genehmigt wurden, sowie — falls der Auftraggeber nicht die Anwendung dieser Verordnung beantragt — für Vorhaben, die ein neues Teilsystem oder die Erneuerung bzw. die Umrüstung eines bestehenden Teilsystems betreffen und die zum Zeitpunkt der Veröffentlichung dieser Verordnung in einem fortgeschrittenen Entwicklungsstadium oder Gegenstand eines in der Durchführung befindlichen Vertrags sind.