Dat komt in de eerste plaats omdat er geen onderscheid wordt gemaakt tussen de verschillende categorieën die onder Natura 2000 vallen, bijvoorbeeld tussen enerzijds bossen en plattelandsgebieden – dit is het grootste gedeelte - waar de grond wordt bebouwd of waar sprake is van een bepaalde beschermde habitat, en anderzijds rivieren, de zee en waterbodems.
Vor allem, weil es nicht zwischen den verschiedenen Kategorien von Natura 2000 unterscheidet, beispielsweise zwischen Wald und landwirtschaftlicher Nutzfläche – die den größten Teil ausmacht –, wo das Land bewirtschaftet wird oder eine geschützte natürliche Umwelt darstellt, im Gegensatz zu Flüssen, dem Meer und dem Meeresboden.