De kerntaak van het agentschap is het operationele beheer van SIS II, VIS en Eurodac. Deze systemen moeten 24 uur per dag en zeven dagen per week continu in bedrijf blijven om een permanente, ononderbroken uitwisseling van gegevens te waarborgen. Het agentschap is echter niet verantwoordelijk voor de in de systemen ingevoerde gegevens.
Die Agentur wird in erster Linie alle mit dem Betriebsmanagement der Systeme SIS II, VIS und EURODAC zusammenhängenden Aufgaben wahrnehmen, die erforderlich sind, um diese Systeme 24 Stunden am Tag und 7 Tage in der Woche betriebsbereit zu halten, und so einen kontinuierlichen, ununterbrochenen Datenaustausch gewährleisten.