Op bedrijven waar, ondanks het uitblijven van klinische tekenen, de aanwezigheid van mond- en klauwzeer wordt vermoed, moeten schapen en geiten, en op aanbeveling van het epizoötiologisch team ook andere ziektegevoelige diersoorten, worden onderzocht volgens een bemonsteringsprotocol waarmee, bij een prevalentie van 5 %, de ziekte kan worden opgespoord met een betrouwbaarheid van ten minste 95 %.
In Haltungsbetrieben, die trotz fehlender klinischer Symptome MKS-verdächtig sind, sollten Schafe und Ziegen und - auf Empfehlung des Epidemiologenteams - auch andere empfängliche Arten nach einem Stichprobenprotokoll untersucht werden, das gewährleistet, dass mit dem mit einer Nachweissicherheit von mindestens 95 % eine Befallsrate von 5 % festgestellt werden kann.