De kritieke punten in het toetredingsproces liggen momenteel echter op een ander vlak: Turkije weigert de Republiek Cyprus te erkennen, waar het sinds de invasie in 1974 nog steeds troepen stationeert, en het land voert de Overeenkomst van Ankara over de uitgebreide douane-unie niet uit waardoor Cypriotische schepen niet in Turkse havens mogen aanleggen.
Doch die Nichtanerkennung der Republik Zypern, wo die Türkei seit der Invasion von 1974 Truppen stationiert hat, und die Nichtumsetzung des Protokolls von Ankara über die erweiterte Zollunion, die das Anlaufen türkischer Häfen durch zyprische Schiffe vorsieht, sind derzeit kritische Fragen für die Europäische Union.