Er zijn echter verschillen tussen de twee toepassingsgebieden aangezien een aantal voorschriften inzake cross-compliance die voor de rechtstreekse betalingen moeten worden nageleefd niet gelden voor de cross-compliance met betrekking tot plattelandsontwikkeling.
Allerdings lassen sich Unterschiede zwischen den beiden Anwendungsbereichen feststellen, denn einige Bestimmungen der Cross-Compliance-Regelung für Direktzahlungen wurden nicht in die entsprechende Regelung für die Entwicklung des ländlichen Raums aufgenommen.