In afwachting van de invoering van de nieuwe structuren, met name tot de goedkeuring van een rechtsgrondslag voor uitvoerende agentschappen, stelt de Commissie twee verschillende overgangsmaatregelen voor. Allereerst nemen de diensten van de Commissie deze activiteiten tijdelijk over, met tijdelijke ambtenaren. Daarnaast kunnen de contracten met de bestaande BAT's worden verlengd, eventueel met een beperktere opdracht.
Bis zur Einführung der neuen Strukturen, insbesondere bis zur Annahme einer Rechtsgrundlage für Exekutivagenturen, schlägt die Kommission zwei fallweise anzuwendende Übergangsbestimmungen vor: Erstens die zeitweilige Übernahme der Aufgaben durch die Kommissionsdienststellen mit Zeitpersonal.