Wat de financiering van de werkzaamheden van het agentschap betreft: de inkomsten zullen bestaan uit een subsidie uit de communautaire begroting, heffingen op aan de lidstaten verleende diensten en een bijdrage van derde landen – Noorwegen en IJsland – die betrokken zijn bij de uitvoering, toepassing en verdere ontwikkeling van het Schengen-acquis.
Finanziert wird die Tätigkeit der Agentur mit einem Zuschuss aus dem Gemeinschaftshaushalt, einer finanziellen Beteiligung von Drittstaaten, die an der Umsetzung, Anwendung und Entwicklung des Schengener Besitzstandes beteiligt sind, nämlich Norwegen und Island, sowie mit Geldern, die die Agentur für Leistungen erhebt, die sie für die Mitgliedstaaten erbringt.