In tweede lezing heeft het Parlement zijn zorgen over de gedelegeerde uitvoeringsbevoegdheden voornamelijk in twee amendementen verwoord: in amendement 36 eiste het voor elke uitvoeringsmaatregel een gedetailleerde risico-, kosten- en effectbeoordeling en in amendement 33 werd een horizonbepaling voorgesteld voor alle uitvoeringsmaatregelen (maatregelen lopen na zes maanden af, maar kunnen worden gehandhaafd na een grondige herbeoordeling van de veiligheidsrisico's, de kosten en het operationele effect).
In der zweiten Lesung fanden die Bedenken des Parlaments bei der übertragenen Durchführungsbefugnis ihren Ausdruck hauptsächlich in zwei Abänderungen: eine, nach der eine detaillierte Risiko- und Folgenabschätzung für alle Maßnahmen erforderlich wäre (Änderungsantrag 36), und eine, in der eine Auflösungsklausel für alle Maßnahmen für die Durchführung vorgesehen wäre (die Maßnahmen würden nach sechs Monaten auslaufen, könnten aber nach einer gründlichen Neubewertung der Sicherheitsrisiken und Überprüfung der mit diesen Maßnahmen verbundenen Kosten und Auswirkungen auf den Flugbetrieb beibehalten werden) (Änderungsantrag 33).