De doelstellingen van het VIS, zoals die in de richtsnoeren van de Raad zijn neergelegd, zijn met name het vergemakkelijken van fraudebestrijding, het helpen voorkomen van "visum shopping", het verbeteren van raadplegingsprocedures in verband met visa, het vergemakkelijken van identificaties voor de toepassing van de verordening Dublin II en van terugkeerprocedures, het verbeteren van de administratie van het gemeenschappelijk visumbeleid alsmede een bijdrage aan de binnenlandse veiligheid en de bestrijding van terrorisme.
Entsprechend diesen Leitlinien werden mit dem VIS insbesondere folgende Ziele angestrebt: Erleichterung der Betrugsbekämpfung, Verhütung von "visa shopping", Verbesserung der Unterrichtung über Visumangelegenheiten, Erleichterung der Identifizierung zum Zweck der Anwendung der Verordnung Dublin II und von Rückführungsverfahren, effizientere Gestaltung der gemeinsamen Visapolitik und Beitrag zur inneren Sicherheit sowie zur Terrorismusbekämpfung.