De Europese scheepvaart heeft echter een handicap: schepen die de territoriale wateren van een lidstaat verlaten (12 mijl van de kust) worden geacht de buitengrenzen van de EU te hebben overschreden en dus het douanegebied van de EU te hebben verlaten. Dat betekent dat goederen de douaneformaliteiten moeten doorlopen bij het vertrekken en het aankomen in EU-havens, wat voor kosten en vertragingen zorgt.
Dennoch gibt es bei der EU-Schifffahrt einen Nachteil: Da Schiffe, die die Hoheitsgewässer eines Mitgliedstaats verlassen (12 Meilen von der Küste), als die Außengrenzen der EU passierend gelten, wird davon ausgegangen, dass diese Schiffe das EU-Zollgebiet verlassen.
