In 1999 is in Berlijn Agenda 2000 goedgekeurd. Dit betekent een belangrijke stap op weg naar de integratie van milieuaspecten in het GLB, langs twee kanalen: verplichte invoering van milieuvoorwaarden bij marktsteun; consolidering van de tweede pijler ten gunste van de plattelandsontwikkeling (waar de landbouwmilieuprogramma’s uitdrukkelijk toe worden gerekend).
Die Agenda 2000, die 1999 in Berlin angenommen wurde, bedeutete einen Meilenstein, was die Einbeziehung der Umweltaspekte in die GAP betrifft: Sie sah zum einen die obligatorische Verknüpfung der Marktbeihilfen mit Umweltauflagen und zum anderen eine Verstärkung des zweiten GAP-Pfeilers, der Entwicklung des ländlichen Raums (mit ausdrücklicher Einbeziehung und Verstärkung der Agrarumweltprogramme), vor.