In tegenstelling tot Phare and ISPA, die maximaal gebruikmaken van de bestaande overeenkomsten en organen die krachtens het gedecentraliseerde uitvoeringssysteem van Phare (DIS) tot stand zijn gekomen, wordt SAPARD vanaf het begin op volledig gedecentraliseerde basis uitgevoerd, mits aan de nodige voorwaarden is voldaan.
Im Gegensatz zu Phare und ISPA, wo so weit wie möglich von den bestehenden Vereinbarungen und Strukturen im Rahmen des Dezentralen Durchführungssystems (DIS) von Phare Gebrauch gemacht wird, wird SAPARD von Anfang an vollständig dezentral durchgeführt, sofern dafür alle Voraussetzungen erfuellt sind.