Er deden zich eveneens problemen voor bij de tenuitvoerlegging van de PWV's, zoals grote vertragingen bij de uitbetaling in sommige landen of de ingewikkeldheid van sommige procedures, zoals bijvoorbeeld de aanbestedingsprocedure van het EOF. 5. Ontoereikende complementariteit van de Stabex-doelstellingen met die van de andere financieringinstrumenten van het EOF Ook het verband tussen Stabex en programma's voor structurele aanpassing vormt een probleem.
Zudem zeigten sich Probleme bei der Ausführung der RGV, z.B. beträchtliche Verspätungen bei den Auszahlungen in einigen Ländern oder die Kompliziertheit mancher Verfahren, z.B. des Ausschreibungsverfahrens im Rahmen des EEF. 5. Unzureichende Komplementarität der Ziele des Stabex-Systems und der anderen Finanzinstrumente des EEF Ferner stellt sich die Frage nach dem Verhältnis zwischen Stabex-System und Strukturanpassungsprogrammen.