Een aantal vraagstukken behoeft echter nog nadere bestudering: het niveau en de datum van toepassing van de tweede fase voor de eis inzake minimale broeikasgasreducties, de ecologische en maatschappelijke duurzaamheid van de productie van biobrandstoffen die ook in derde landen van toepassing zou zijn en de methode voor de berekening van de broeikasgasreducties.
Jedoch bedürfen einige Fragen noch weiterer Beratungen: die Höhe der Mindesteinsparungen an Treibhausgasemissionen und das Datum für das Inkrafttreten der zweiten Phase dieser Anforderung, die ökologische und soziale Nachhaltigkeit der Herstellung von Biokraftstoffen – ein Kriterium, das auch für Drittländer gelten würde – sowie die Methode zur Berechnung der Einsparungen an Treibhausgasemissionen.