In de eerste drie jaar van het SAPARD-programma is echter ook duidelijk aan het licht gekomen welke institutionele lacunes de voormalige socialistische landen ook tien jaar na de val van het IJzeren Gordijn nog hadden ten opzichte van eerder toegetreden landen.
Jedoch haben die ersten drei Jahre des SAPARD-Programms auch deutlich gemacht, welchen institutionellen Nachholbedarf die ehemals sozialistisch geführten Länder gegenüber Beitrittsländern früherer Phasen auch ein Jahrzehnt nach dem Fall des Eisernen Vorhangs noch hatten.