De nationale douanediensten zijn ook verantwoordelijk voor de bescherming van de financiële belangen van de EU op een hoog niveau van doelmatigheid, daar de rechten die bij de invoer van goederen worden geheven 15% uitmaken van de totale inkomsten van de EG-begroting (ongeveer € 17 miljard/jaar).
Die nationalen Zollbehörden sind unter anderem auch dafür verantwortlich, die finanziellen Interessen der Gemeinschaft möglichst effizient zu schützen, da die auf eingeführte Waren erhobenen Zölle 15 % der Gesamteinnahmen des Gemeinschaftshaushalts darstellen (ca. 17 Mrd. EUR pro Jahr).