Een aantal beperkingen van de rechten van de octrooihouder dienen derden echter toe te laten de uitvinding te gebruiken, bijvoorbeeld in de particuliere sfeer en voor niet-commerciële doeleinden, voor proefnemingen, voor handelingen die specifiek toegelaten zijn volgens het recht van de Unie (betreffende geneesmiddelen voor diergeneeskundig of menselijk gebruik, kwekersrechten en de rechtsbescherming van computerprogramma's door middel van auteursrecht en van biotechnologische uitvindingen) of volgens internationaal recht, en voor het gebruik door een landbouwer van beschermd vee voor landbouwdoeleinden.
Allerdings sollten die Rechte des Patentinhabers Beschränkungen unterliegen, damit Dritte die Erfindung beispielsweise für private oder nichtgewerbliche Zwecke, für Versuchszwecke und für zulässige Handlungen nach EU-Recht (im Bereich der Tierarzneimittel, Humanarzneimittel, Pflanzenvarietäten, des urheberrechtlichen Schutzes von Computerprogrammen und des Rechtsschutzes von biotechnologischen Erfindungen) und nach internationalem Recht benutzen können und damit Inhaber eines landwirtschaftlichen Betriebs geschützte Nutztiere zu landwirtschaftlichen Zwecken einsetzen können,