De doelen van de partnerschapovereenkomst worden in vier operationele programma's (Vlaanderen, Brussel, Wallonië-Brussel en de Duitstalige Gemeenschap) in investeringsprioriteiten en concrete maatregelen verdeeld, waardoor de individuele projecten overeenkomstig de met de Commissie overeengekomen prioriteiten en streefdoelen kunnen worden gekozen, uitgevoerd, gemonitord en beoordeeld.
Vier operationelle Programme (Flandern, Brüssel, Wallonien-Brüssel und die deutschsprachige Gemeinschaft) werden die Ziele der Partnerschaftsvereinbarung im Einzelnen in Investitionsschwerpunkte und konkrete Maßnahmen umsetzen und es ermöglichen, die einzelnen Projekte anhand der mit der Kommission vereinbarten Schwerpunkte und Ziele auszuwählen, durchzuführen, zu begleiten und zu bewerten.