Wanneer lidstaten steun ontvangen uit zowel het Cohesiefonds als de Structuurfondsen moet in de programma's onderscheid worden gemaakt tussen de maatregelen die uit elk fonds worden gefinancierd, waarbij het Cohesiefonds een centrale rol speelt bij de steun voor trans-Europese vervoersnetwerken.
In den Mitgliedstaaten, die gleichzeitig sowohl aus dem Kohäsionsfonds als auch aus den Strukturfonds gefördert werden, sollten in den Programmen die Aktionen nach den Fonds gegliedert werden, aus denen sie finanziert werden, wobei der wichtigste Anteil an der Förderung der transeuropäischen Verkehrsnetze aus dem Kohäsionsfonds kommen sollte.