Uiteenlopende interpretaties doen zich met name voor bij de toepassing van de soevereiniteitsclausule (artikel 3, lid 2, van de Dublin-verordening), die de lidstaten de mogelijkheid biedt als verantwoordelijke lidstaat op te treden ondanks het feit dat de Dublin-criteria een andere lidstaat aanwijzen, en bij de humanitaire clausule (artikel 15 van de Dublin-verordening), op grond waarvan de lidstaten gezinsleden met elkaar kunnen herenigen, ook al zou de strikte toepassing van de criteria ertoe leiden dat zij gescheiden blijven.
Ces divergences d'interprétation ont notamment été constatées au sujet de l'application de la clause de souveraineté (article 3, paragraphe 2, du règlement de Dublin), qui permet à chaque État membre d'examiner une demande d'asile, même si cet examen incombe à un autre État membre en vertu des critères de Dublin, et de la clause humanitaire (article 15 du règlement de Dublin), qui permet à tout État membre de rapprocher les membres d'une même famille, alors que l'application stricte de ces critères les séparerait.
