Evenwel, dient men erop toe te zien dat de Richtlijn deze technologie niet ontmoedigt. Zo bijvoorbeeld, brengt een WKK-installatie meer emissies teweeg in vergelijking met een verbrandingsinstallatie die in een zelfde warmtebehoefte kan voorzien, maar op het geheel van de productie van warmte en elektriciteit kan doorgaans een netto milieuvoordeel worden vastgesteld.
Toutefois, il convient d'éviter que la Directive ne représente un outil dissuasif vis-à-vis de cette technologie, étant donné qu'une installation de cogénération représente un surplus d'émissions par rapport à une installation de combustion qui assurerait les mêmes besoins en chaleur - alors que sur l'ensemble de la production de chaleur et électricité, il y a un bénéfice environnemental net.