De factoren die het mariene ecosysteem bedreigen zijn vaak grensoverschrijdend. Het gaat hier voornamelijk om overbevissing, destructieve visserijmethoden, de lozing van afval in de zee en vervuiling afkomstig van de kustgebieden, lawaai dat wordt veroorzaakt door vaartuigen, infrastructuurvoorzieningen voor zeevervoer, lozingen, ontgassing en akoestische instrumenten van onderzeeërs, maar ook door invasieve soorten, de gevolgen van de klimaatverandering, de extractie van grind, aardolieboringen en urbanisatie langs de kust.
Les menaces sont souvent transfrontalières et correspondent essentiellement aux captures excessives de poisson, aux pratiques de pêche destructives, aux rejets de déchets en mer et de polluants provenant des côtes, aux nuisances sonores provoquées par les navires, aux infrastructures de transport maritime, aux dégazages et aux dispositifs acoustiques sous marins, mais aussi aux espèces invasives, à l'impact du changement climatique, à l'extraction de gravier, aux forages pétroliers et à l'urbanisation côtière.
