Een effectieve toepassing van deze richtsnoeren kan echter slechts een eerste stap zijn om ervoor te zorgen dat onderling afwijkende nationale marktregelingen, zoals capaciteitsmechanismen en ongecoördineerde stelsels voor steun aan hernieuwbare energie, meer verenigbaar zijn met de interne markt.[20] Sommige vormen van overheidsinterventie, ook al waren ze soms vereist en gerechtvaardigd om problemen van marktfalen aan te pakken, hebben een ernstige negatieve impact gehad op de effectieve functionering van de interne energiemarkt.
Cependant, l’application effective de ces orientations ne saurait être que la première étape d'une stratégie visant à améliorer la compatibilité avec le marché intérieur de modalités divergentes d’organisation des marchés, telles que les mécanismes de capacité et les régimes d’aide non coordonnés en faveur des énergies renouvelables[20]. Bien qu'elles soient, dans certains cas, nécessaires et justifiées pour remédier aux défaillances du marché, certaines formes d’intervention publique ont eu de graves incidences sur le bon fonctionnement du marché intérieur de l’énergie.
