Ze worden tevens gecontroleerd door de auditcel van de Inspectie van Financiën ingesteld via bestuurscontract tussen de Waalse Regering en de Franse Gemeenschapsregering, enerzijds, en het Korps van de Inspectie van Financiën, anderzijds, voor de uitvoering van een audit van de beheers- en controlesystemen van de programma's die gecofinancierd worden door de Europese structuurfondsen van 7 september 1998 en zijn aanhangsel van 21 december 2000.
Elles font également l'objet d'un contrôle confié à la cellule d'audit de l'Inspection des Finances mise en place par contrat d'administration entre le Gouvernement wallon et le Gouvernement de la Communauté française, d'une part, et le Corps de l'Inspection des Finances, d'autre part, pour l'exécution d'une mission d'audit des systèmes de gestion et des programmes cofinancés par les Fonds structurels européens du 7 septembre 1998 et son avenant du 21 décembre 2000.