Het Bureau werkt voorts samen met het Europees Ondersteuningsbureau voor asielzaken (EASO), het Europees migratienetwerk, Eurojust, de Europese Eenheid voor justitiële samenwerking, de Europese Politiedienst (Europol), de Europese Politieacademie (CEPOL) en het Europees Agentschap voor het operationeel beheer van grootschalige IT-systemen op het gebied van vrijheid, veiligheid en recht (IT-agentschap) overeenkomstig de toekomstige respectieve samenwerkingsovereenkomsten.
Elle coopère en outre avec le Bureau européen d’appui en matière d’asile (BEA), le réseau européen des migrations, Eurojust, l’unité de coopération judiciaire de l’Union européenne, l’Office européen de police (Europol), le Collège européen de police (CEPOL) et l’agence européenne pour la gestion opérationnelle des systèmes d’information à grande échelle au sein de l’espace de liberté, de sécurité et de justice (Agence IT), conformément aux futurs accords de coopération conclus avec chacun d’eux.