Aangezien de opzet van ISPA in hoge mate berust op die van het Cohesiefonds, hebben deze instrumenten een groot aantal kenmerken gemeenschappelijk, zoals de aanpak op projectbasis, een hoog bijstandsniveau, gerichtheid op vervoer en milieu, het gehele grondgebied van een lidstaat, indicatieve toewijzingen per land, en gelijksoortige procedures voor projectaanvragen, -beoordeling en -bewaking.
Étant donné que la conception d'ISPA s'est fortement inspirée du modèle du Fonds de cohésion, les deux instruments partagent un nombre important de caractéristiques communes (référence à des projets, niveaux élevés d'aide, accent sur le transport et l'environnement, sur l'ensemble du territoire d'un État membre, enveloppes indicatives par pays, procédures similaires en matière de candidature, d'évaluation et de suivi des projets).