De kritiek die in het algemeen geformuleerd wordt ten aanzien van de derde pijler, slaat meestal op het gebrek aan efficiëntie, aan openbaarheid (zelfs aan Europese parlementsleden worden de documenten niet systematisch doorgezonden) en aan controle (niet alleen van het Europees Parlement, maar ook van het Hof van Justitie).
Les critiques généralement formulées à l'égard du troisième pilier portent le plus souvent sur le manque d'efficacité, de publicité (même les parlementaires européens ne reçoivent pas systématiquement communication des documents) et de contrôle (non seulement du Parlement européen, mais aussi de la Cour de Justice).