Er moet ook op gewezen worden dat het Agentschap eigen risicoanalyses uitvoert, die een centrale en transversale rol spelen in zijn activiteiten: zo heeft Frontex in het kader van de tweede jaarlijkse risicoanalyse (februari 2007) bijgedragen aan de Dreigingsevaluatie voor georganiseerde criminaliteit (OCTA) en samen met Europol een verslag opgesteld over de risicoroutes voor illegale immigratie op de westelijke Balkan.
On soulignera également que l'Agence réalise ses propres analyses de risques, qui jouent un rôle crucial et transversal au sein de ses activités: ainsi, dans le cadre de la deuxième évaluation annuelle (février 2007), elle a contribué à la rédaction du rapport d'évaluation de la menace que représente la criminalité organisée (EMCO) et, en collaboration avec Europol, du rapport sur les itinéraires à haut risque empruntés par l'immigration clandestine dans la région des Balkans occidentaux.