Horizon 2020 wordt uitgevoerd op een wijze die complementair is met andere financieringsprogramma's en beleidsmaatregelen van de Unie, met inbegrip van de Europese Structuur- en Investeringsfondsen (ESI-fondsen), het Gemeenschappelijk Landbouwbeleid, het programma voor het concurrentievermogen van ondernemingen en het midden- en kleinbedrijf (Programme for the Competitiveness of Enterprises and small and medium-sized enterprises - COSME) (2014-2020), het "Erasmus+"-programma en het Life-programma.
Horizon 2020 est mis en œuvre en complémentarité avec d'autres programmes et politiques de financement de l'Union, dont les fonds structurels et d'investissement européens (ci-après dénommés "fonds ESI"), la politique agricole commune, le programme pour la compétitivité des entreprises et des petites et moyennes entreprises (COSME) (2014-2020), le programme Erasmus+ et le programme LIFE.