De facto komt het erop neer dat veel lidstaten verwachten dat de naleving van de vlaggenstaatvoorschriften extra kosten zal teweegbrengen, zowel directe (gekwalificeerde controleurs, invoering van administratieve systemen, gekwalificeerd auditpersoneel) als indirecte (delegatie van controle- en certificatiebevoegdheden aan classificatiebureaus), met het risico van overlapping tussen communautaire praktijken en internationale verplichtingen.
Concrètement, de nombreux États membres estiment que le respect des règles en matière de pavillon entraînera des coûts supplémentaires directes (contrôleurs qualifiés, intervention des systèmes administratifs, s'ajoutant aux audits qualifiés) et indirects (délégation des contrôles et de la certification aux sociétés de classification), avec un risque de double emploi entre les pratiques communautaires et les obligations internationales.