Omdat de richtlijn een zekere mate van flexibiliteit biedt, zullen bepaalde verschillen tussen de nationale regelingen inzake gegevensbescherming blijven bestaan. De richtlijn bepaalt dan ook dat de wetgeving van de Lid-Staat waar een gegevensverwerker is gevestigd van toepassing is in gevallen waarin gegevens worden doorgegeven tussen Lid-Staten.
Étant donné que la souplesse de conception de la directive fera que certaines différences entre les régimes nationaux de protection des données persisteront, la directive posera le principe selon lequel, lorsque des données sont transmises entre des États membres, la législation applicable est celle de l'État membre dans lequel l'organisme de traitement des données est établi.