Tegen die tekst is veel kritiek gerezen, vooral over de vermindering van de gevangenisstraffen voor leden van illegale gewapende groepen die betrokken zijn bij de schendingen van de mensenrechten en aanvaard hebben te worden gedemobiliseerd, en over de beperkte termijnen waarover de onderzoekers beschikken om verdachten in beschuldiging te stellen, ook in geval van oorlogsmisdaden of misdaden tegen de menselijkheid, wat er op neerkomt dat tal van gedemobiliseerde guerrillero's of paramilitairen feitelijk amnestie krijgen.
De nombreuses critiques ont cependant été émises à l'encontre de ce texte, notamment à propos des réductions de peines de prison accordées aux membres des groupes armés illégaux impliqués dans des atteintes aux droits humains, qui ont accepté d'être démobilisés, et à propos des délais réduits desquels disposent les enquêteurs pour inculper des suspects - même en cas de crimes de guerre ou de crimes contre l'humanité -, ce qui revient à accorder des amnisties de fait à de nombreux guérilleros ou paramilitaires démobilisés.
