Zoals de Hoge Raad voor de Justitie zeer terecht doet opmerken, zou het gescheiden beheersmodel bovendien ongewenste effecten en zelfs belangrijke nadelen kunnen hebben, zoals het risico dat het parket, via het in onderzoek te stellen van de zaken, door de zetel een deel zou doen dragen van het budget dat ten laste van het parket moest komen.
De plus, comme le relève très justement le Conseil Supérieur de la Justice, le modèle de gestion séparée pourrait entraîner des effets non souhaités, voire des inconvénients majeurs tels que le risque que le parquet, par le biais des mises à l'instruction, fasse supporter par le siège une part budgétaire qui devrait lui être imputée.
