Om ervoor te zorgen dat de EU-financiering een zo groot mogelijk effect heeft, dient Horizon 2020 nauwe synergieën te ontwikkelen met andere programma's van de Unie op terreinen zoals onderwijs, ruimtevaart, milieu, energie, landbouw en visserij, concurrentievermogen en KMO's, interne veiligheid, cultuur of media.
Pour un impact maximal, Horizon 2020 devrait développer d'étroites synergies avec d'autres programmes de l'Union dans des secteurs tels que l'éducation, l'espace, l'environnement, l'énergie, l'agriculture et la pêche, la compétitivité et les PME, la sécurité intérieure, la culture et les médias.