Ook het soort agentschappen heeft een wijziging ondergaan: terwijl de eerste agentschappen volledig met middelen van de communautaire begroting werden gesubsidieerd, bestaat de financiering van de nieuwe generatie agentschappen zowel uit overheidsmiddelen (subsidies), als uit heffingen die door bedrijven uit de desbetreffende sector worden betaald.
Par ailleurs le type de ces agences a également changé : alors que les premières agences étaient entièrement subventionnées par le budget communautaire, les agences de la nouvelle génération sont financées à la fois par des fonds publics (subvention) et par les redevances payées par l'industrie relevant du domaine concerné.